Grâce aux anciennes fosses d’aisance, les archéologues peuvent avoir un aperçu du régime alimentaire, de la santé et des habitudes de nos ancêtres. Récemment, des archéologues ont analysé deux fosses d’aisance – ou latrines – en Lettonie et en Israël afin d’étudier les microbiomes intestinaux des populations historiques, qui pourraient être différents des microbiomes de l’homme moderne et des chasseurs-cueilleurs préhistoriques.

Les microbiomes intestinaux englobent tous les microbes présents dans les intestins, y compris les bactéries, les virus et les champignons. En étudiant les communautés microbiennes de l’époque médiévale, les scientifiques peuvent étudier le régime alimentaire et la digestion de nos ancêtres et suivre les changements intervenus dans le régime alimentaire des populations au fil du temps, ce qui peut nous donner une idée précise de la santé des microbiomes modernes.

Les chercheurs ont examiné une fosse d’aisance du XIVe siècle à Riga et une autre du XVe siècle à Jérusalem. À l’époque où les fosses d’aisance étaient utilisées, les zones étaient urbaines mais pas nécessairement industrialisées, ce qui signifie que les utilisateurs des latrines avaient probablement une alimentation différente de celle des citadins modernes. Les sites ont également été choisis parce que la différence entre ces deux régions géographiques pouvait permettre d’étudier des microbiomes différents.

Selon Piers Mitchell, co-auteur de l’étude, la période médiévale était suffisamment ancienne pour qu’ils puissent détecter des changements par rapport aux populations modernes. En outre, la période n’était pas trop ancienne pour que l’ADN ne survive pas.

L’enquête a confirmé les soupçons des scientifiques, révélant que les restes de la bactérie Treponema se trouvaient dans les intestins des chasseurs-cueilleurs modernes, mais pas dans ceux des personnes « industrialisées ». Ils ont également trouvé des Bifidobacterium dans les intestins des personnes « industrialisées », mais pas dans ceux des chasseurs-cueilleurs. Les chercheurs décrivent ces différences comme le résultat d’un compromis alimentaire.

La co-auteure principale, Sussana Sabin, archéologue à l’Institut Max Planck pour la Recherche sur l’Histoire Humaine en Allemagne, estime qu’il n’existe aucune source moderne connue qui abrite le contenu microbien observé dans l’étude.

De plus, la présence des deux types de bactéries intestinales pourrait soit refléter la diversité parmi les habitants de la ville, soit indiquer que les humains médiévaux avaient des microbiomes différents de ceux des humains d’aujourd’hui.

La co-auteure principale de l’étude, Kirsten Bos, de l’Institut Max Planck, explique qu’ils n’étaient même pas certains que les signatures moléculaires des contenus intestinaux survivraient dans les latrines après des centaines d’années. Le mode de préservation de leurs bactéries était différent de celui des autres bactéries anciennes récupérées, qui provenaient de tissus calcifiés et de calculs dentaires.

Les chercheurs ont d’abord dû distinguer les microbes intestinaux de ceux que l’on trouve normalement dans le sol environnant. Ils ont ensuite trouvé des preuves de la présence d’une série de bactéries, d’archées, de protozoaires, de vers parasites et de champignons.

Ce n’était pas la première fois que des archéologues utilisaient des fosses d’aisance pour rechercher des informations. Lors de précédentes études menées sur d’anciennes latrines, les chercheurs ont pu trouver des vestiges tels que des œufs de parasites, qui ont pu être examinés au microscope.

Cependant, les techniques traditionnelles ne permettaient pas d’examiner les organismes étudiés dans la nouvelle recherche, qui étaient beaucoup trop petits. C’est pourquoi les chercheurs ont utilisé la métagénomique, ou l’étude des micro-organismes par extraction d’ADN. Les chercheurs espèrent que leurs techniques aideront d’autres chercheurs à analyser les biomes intestinaux de nos ancêtres, afin de nous donner un meilleur aperçu des modifications du régime alimentaire dans l’histoire humaine.

M. Mitchell estime que pour déterminer ce qui constitue un microbiome sain pour l’homme moderne, nous devons commencer à étudier les microbiomes anciens des personnes qui ont vécu avant l’apparition des antibiotiques, de la restauration rapide et de tous les autres pièges modernes.

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