Il y à des cas rares ou malgré que tous les marqueurs génétiques sont compatibles entre père biologique et enfant, le pourcentage obtenu est légèrement inférieur à 99 %, dans ce cas-là l’échantillon de la mère est recommandé pour obtenir un pourcentage au-delà de 99 % et pouvoir considéré la recherche de paternité comme conclue. La principale raison d’obtenir un pourcentage inférieur à 99 %, malgré que tous les marqueurs génétiques soient compatibles entre père présumé et enfant, est dû au fait que l’ADN de l’enfant et du père présumé sont trop communs au reste de la population mondiale, ce qui entraîne un index de paternité bas et par conséquent un pourcentage de probabilité de paternité inférieure à 99 %.